Zug muss man nicht vorbuchen, Bus nur in marokkanischen Ferienzeiten oder an verlängerten Wochenenden, beides trifft für euren Reisezeitraum wohl nicht zu. Es reicht, wenn man sicher gehen will, am Vortag mal anzufragen.
Finde übrigens auch die Variante erst Fes, dann Merzouga, dann Marakesch gut machbar. Zumal man direkt vom Flughafen mit dem Zug gut nach Fes fahren kann.