Positionen zu Syrien
Am 13. November 2011 hielt Todenhöfer sich anlässlich des Aufstandes in Syrien auf und wurde als einer von wenigen westlichen Journalisten zu Präsident Assad vorgelassen. Todenhöfer plädierte dafür, Verhandlungen mit Assad aufzunehmen, da die Gefahr eines ausgedehnten Bürgerkrieges drohe, der mit dem libyschen nicht zu vergleichen sei. Die meisten Syrer seien immer noch Anhänger ihres Präsidenten, der sich glaubhaft für Demokratie einsetze, und im Land herrsche eine weitreichende Normalität. Der syrische Schriftsteller Rafik Schami warf Todenhöfer – und auch Peter Scholl-Latour – bezüglich deren Berichterstattung über Syrien Verblendung und Eitelkeit vor und bezeichnete sie spöttisch als „Prominenz-Journalisten“. Todenhöfer habe nicht begriffen, „in welchem Theater er seine naive Rolle bekommen“ habe. Die Nähe der „reaktionäre[n] alte[n] Herren“ zu „Extremenlinken“ sei zwar erstaunlich, aber nicht neu. Am 4. Juli 2012 traf Todenhöfer mit Baschar al-Assad zu einem Vorgespräch zusammen und führte mit ihm am nächsten Tag ein Interview, das von der ARD am 8. Juli 2012 gesendet wurde. Nach Mitte April 2013 traf er Assad noch einmal zu einem Gespräch.



Positionen zum „Islamischen Staat“
Im Juni 2014 behauptete Todenhöfer, dass der Aufstand im Irak nicht primär vom Islamischen Staat (IS) getragen würde, sondern von Kämpfern einer säkular orientierten Allianz namens „Nationaler, panarabischer und islamischer Widerstand“. Todenhöfer bezifferte die Zahl der ISIS-Anhänger auf 1000, denen etwa 20.000 Kämpfer des FNPI gegenüberstünden, denen er eher insbesondere wirtschaftliche Unzufriedenheit denn religiösen Fundamentalismus als Motiv zuschrieb. Diesem Widerstand bescheinigte er, dass er trotz personeller Kontinuitäten zum Hussein-Regime nicht dessen „Nachfolge-Organisation [sei]. Er [wolle] neue Wege gehen, [habe] sich geöffnet, liberalisiert und [strebe] eine Demokratie an.“
Im Dezember 2014 hielt sich Todenhöfer rund eine Woche lang in Mossul im Machtbereich des IS auf. Vermittelt wurde die Reise vom deutschstämmigen IS-Kämpfer Christian Emde, alias Abu Quatadah. Todenhöfer hatte ihm gegenüber den Wunsch geäußert, die vom IS kontrollierten Gebiete Syriens und Iraks besuchen zu dürfen, um dort „authentische“ Eindrücke für sein geplantes Buch zum Islamischen Staat zu erhalten. Nach seiner Rückkehr berichtete Todenhöfer, dass die sunnitischen Einwohner die Herrschaft des IS als Verbesserung gegenüber der vorherigen schiitisch dominierten Herrschaft der irakischen Regierung ansehen. Zur Möglichkeit von islamistischen Anschlägen in Deutschland meinte Todenhöfer, dass es solche Anschläge geben könne. Die Hauptgefahr gehe aber nicht von den Rückkehrern aus dem Kampfgebiet aus – diese würden als „Versager“ angesehen –, sondern von den IS-Sympathisanten, die kurz vor der Reise ins Kriegsgebiet einen Anschlag ausführen könnten. Im Übrigen warnte er, den IS zu unterschätzen. Dessen Anhänger würden eine geradezu „rauschartige Begeisterung und Siegeszuversicht“ haben. Ziel des IS sei es, alle Angehörigen nicht-abrahamitischer Religionen, das heißt weltweit Hunderte Millionen Menschen, zu ermorden. Laut Todenhöfer zählt der IS zu diesen verschonten Gläubigen der abrahamitischen Religionen nur „IS-Muslime (Sunniten), Juden und Christen“. Tatsächlich ermordete jedoch der IS zu diesem Zeitpunkt bereits auch tausende Angehörige abrahamitischer Religionen, wobei auch hunderte unkooperative Sunniten zu den Opfern zählten (siehe Liste von Hinrichtungen durch den IS). Während einer Lesung in Essen bezeichnete er den sogenannten „IS“ als „ein Baby von George Bush“.

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